Наш сюжет начинается буквально с последних глав манги. А именно: Начало Четвертой Мировой Войны Шиноби.
Союз Шиноби.
Страсти в мире шиноби все наколяются, весь мир на грани уничтожения. Четвертая мировая война Шиноби. Эта война была объявлена Учихой Мадарой, так как Каге отказывались передать ему Хачиби и Кьюби. После этого пять великих наций формируют союз Шиноби, чья база находится в Кумогакуре, единственной деревне, у которой нет связи с Акацки. Армия союза состоит из 80.000 солтат, большая часть которых родом из пяти великих держав или страны железа. Эта армия разделена на пять дивизий и четыре команды. Ведь не все собираются так просто сложить руки перед Мадарой и пасть к его ногам. Огромная армия во главе с Гаарой Пустынным будут противостоять Акацки даже ценой своих жизней.
Акацки
Во главе Акацки на данный момент стоит некий Учиха Мадара, объявивший войну всему миру, и в этом плане Мадаре крупно повезло.. Якуши Кабуто находит Тоби, который удивлен тем, что тот смог его найти. Тоби нападает на Кабуто, после того как говорит, что Кабуто являлся шпионом Сасори и тем самым предателeм Акацки. Однако Кабуто использует Кучиёсе: Едо Тенсей и призывает Итачи, Сасори, Дейдару, Какузу и Нагато, что бы доказать Тоби свою силу и говорит, что не хочет сражаться. Кабуто предлагает Тоби союз, помогая Тоби в войне тем, что заставит призванных им Акацки сражаться ради него. В замен на это он требует Саске для своих экспериментов. Когда Тоби намекает на то что собирается отказаться, Кабуто призывает еще одного человека, которого Тоби по видимому боится и соглашается на союз.
Взамен на одного из ста тысяч Зетсу, которых создал Мадара, Кабуто хочет принести ему Кьюби и Хачиби.
Черепаха
В конце сражения против Саске после собрания Каге, по пророчеству Эросеннина, Наруто получает Геротору, а тем самым и ключ к его печати. В конце этой передачи, Наруто и Кираби отправляют на остров в стране молнии, что бы скрыть их от Мадары. Там он пытается, с помощью Кираби, контролировать Кьюби. Для этого он сначала встречается со своим злым "Я" у водопада правды, и побеждает его, вытеснив все темные мысли из себя. Затем он отправляется в секретную пещеру, где в специальном помещении снимает печать и пытается отделить чакру Кьюби от его полной ненависти личности, что ему удается и позволяет использовать чакру Кьюби, что бы увеличить свою скорость. После того как он закончил тренировку у водопада правды и победил девятихвостого, он способен использовать его чакру в полной мере. Однако он еще не совсем контролирует те силы и способности которые он получил.
И сам же Наруто начал замечать что - то неладное, а именно - длительное отсутствие капитана Ямато и шепот за своей спиной. От парня точно что - то скрывают.
